Neben den sogenannten "Unterhaltungsmaßnahmen" an der Elbe, die an sich schon teils schwerwiegende Eingriffe in die Flusslandschaft darstellen, drohen der Elbe aber noch weitere Gefahren:
Ausbau des Saale-Kanals
Im April 2008 hat das Landesverwaltungsamt Halle hat den Bau eines Saale-Schleusenkanals, der seit dem Bundesverkehrswegeplan 2003 vorgesehen ist und der die Schiffbarkeit der Saale verbessern soll, genehmigt. Damit soll die Saale von Halle bis zu ihrer Mündung in die Elbe ganzjährig für Europaschiffe befahrbar gemacht werden.
Das Problem: auf der sich anschließenden Elbe könnten diese Schiffe nur maximal zur Hälfte des Jahres weiterfahren. Somit müsste im Anschluss an die Saale auch die Elbe ausgebaut werden. Schließlich besteht für einen Verkehr von Europaschiffen allein auf der Saale überhaupt kein wirtschaftlicher Bedarf. Schon heute wird diese Wasserstraße kaum genutzt. Auch ein Gutachten der Universität Halle-Wittenberg vom April 2008 zeigt, dass die langen Tockenperioden und dadurch bedingten niedrigen Wasserstände die Binnenschfifffahrt immer unrentabler werden lassen.
Staustufen in der Tschechischen Republik
In der Tschechischen Republik will man bei Decin eine neue Staustufe in der Elbe bauen: Hier berufen sich die Befürworter auf die unrealistischen Transportprognosen und die „garantierten“, aber unrealistischen Fahrrinnentiefen des deutschen Bundesverkehrsministeriums. Dazu fand im Nov. 2005 ein Scoopingverfahren statt, zu dem das Flussbüro und der Sächsische Landesverband eine Stellungnahme abgegeben haben.
siehe auch: Staustufenbau an der tschechischen Elbe
Der Donau-Oder-Elbe-Kanal
Einer Bedrohung für die Elbe ist auch die immer wieder aufkommende Idee eines Donau-Oder-Elbe-Kanals (DOEK). Die Idee für einen solchen Kanal gibt es schon seit mehr als 300 Jahren. Seit die Europäische Kommission 1994 in seine Planung für ein europäisches Infrastrukturnetz, auch Transeuropäisches Netzwerk oder kurz TEN genannt, die Idee einer Verbindung zwischen diesen Flüssen mit aufnahm, wird über den D-O-E-Kanal wieder verstärkt gesprochen.
Am 6. November 2007 fanden in Berlin die 30. Internationalen Ostbrandenburger Verkehrsgespräche statt. Eine internationale Lobby versuchte dort erneut, die Ausbaupläne für einen Donau-Oder-Kanal voranzutreiben.
Der Bau des D-O-E-Kanals würde sämtliche NATURA-2000-Gebiete zerstören. Zudem stehen die Ausbaupläne im Widerspruch zu den Zielen der Wasserrahmenrichtlinie der EU.
siehe auch: Der Donau-Oder-Elbe-Kanal
Weiterer Ausbau auch in Deutschland möglich
Drei weitere Planfeststellungsverfahren liegen derzeit auf Eis und werden nach dem Hochwasser von 2002 vorerst nicht weiter verfolgt: