Flüsse und ihre Auen gehören zu den artenreichsten Naturräumen Europas. Sie weisen ein dynamisches, kleinräumiges Mosaik unterschiedlicher Standortbedingungen auf. Eine große Anzahl seltener, gefährdeter oder vom Aussterben bedrohter Tier- und Pflanzenarten leben in diesen ökologisch wertvollen Bereichen: Allein in den Auenwäldern des Oberrheins wurden 250 Vogel-, 30 Säugetier-, 17 Amphibien-, 8 Reptilien-, 500 Schmetterlings- und 1000 Käferarten nachgewiesen. Viele dieser Tiere sind auf hervorragende Weise an die hier herrschenden, oft extrem wechselnden Lebensbedingungen angepasst.
Hauptmerkmal naturbelassener Flüsse und Auen sind die mit dem Wechsel der Jahreszeiten wiederkehrenden Schwankungen der Wasserstände mit Hoch- und Niedrigwasser. Ein lebendiger Fluss weist aufgrund der ständig wechselnden Wasserführung und Geschiebefracht, des unterschiedlichen Gefälles und Untergrundes eine enorme Strukturvielfalt auf. Reißende Strömungen wechseln mit Stillwassern und Altarmen, kahle Kiesbänke und trockene Sanddünen folgen feuchten Auenwäldern. Es entstehen neue Auskolkungen, Uferabbrüche und Flachwasserzonen – Lebensräume für heute selten gewordene Tier- und Pflanzenarten.