In Deutschland wurden zwölf große Flüsse für die Binnenschifffahrt ausgebaut: Rhein, Donau, Elbe, Oder, Weser, Mosel, Saar, Neckar, Main, Ems, Havel und Spree.
Fast alle Flüsse sind gestaut, begradigt und verbaut, nur wenige Flussabschnitte weisen noch eine naturnahe Abflussdynamik auf.
Trotz der ökologisch dramatischen Folgen wird der weitere Ausbau von Havel und Spree (VDE-Projekt 17), Saale, Oder, Main, Weser und Donau für Binnenschiffe mit immer größeren Abmessungen und Tiefgang vorangetrieben. So stehen der Ausbau der Elbe und der Bau von Staustufen im letzten ungestauten Teilstück der bayerischen Donau zwischen Straubing und Vilshofen trotz Ablehnung durch den deutschen Bundestag weiterhin auf der politischen Agenda.